Základný prevádzkový proces CNC frézky zvyčajne zahŕňa zapnutie, návrat do referenčného bodu, zadanie programu, upnutie obrobku, nastavenie nástroja, obrábanie a vypnutie. Počas prevádzky sa musia dodržiavať bezpečnostné prevádzkové postupy, ako je správne oblečenie a správne používanie tlačidla núdzového zastavenia.
Ovládací panel CNC systému zvyčajne pozostáva z CRT monitora, MDI panelu a ovládacieho panela obrábacieho stroja. Programovanie je základnou zručnosťou pre obsluhu CNC frézky, ktorá zahŕňa manuálne aj automatické programovanie.
Na CNC obrábacích strojoch, ako sú obrábacie centrá, sa stúpacie frézovanie stalo priemyselným-štandardným spôsobom rezania vďaka dlhšej životnosti nástroja a menšiemu chveniu.
Výber rezných parametrov sa musí riadiť určitými zásadami: cieľom hrubovania je vysoký úber kovu, zatiaľ čo cieľom dokončovania je vysoká kvalita povrchu. Kľúčové parametre, ako je rýchlosť rezania Vc a rýchlosť posuvu stola F, možno vypočítať pomocou vzorcov.